Tempelet ble bygget i 1871 av Mr. Duong Quang Son, en kinesisk mann av teochew-opprinnelse. Opprinnelig var det et lite helligdom kalt Linh Son Dien. I 1937 gjenoppbygde lokalbefolkningen det og omdøpte det til Giac Linh Tu.
Fra de tidlige årene av 1900-tallet fungerte Linh Son-tempelet som et møtested og aktivitetssenter for patriotiske krigere mot franskmennene i Thien Dia Hoi-organisasjonen.
I 1922 ble provinsens Røde Ungdomsorganisasjon etablert her, inkludert kamerat Duong Quang Dong. Våren 1930 ble My Long-avdelingen, en av de tre første kommunistiske avdelingene av Tra Vinh, etablert i Linh Son Dien, og valgte dette stedet for regelmessige møter i sine tidlige år. I perioden 1934–1935 ble Linh Son Dien valgt som hovedkvarter for den interprovinsielle komiteen i Vinh-Tra-Ben. I dagene før augustrevolusjonen i 1945 ble det holdt et forberedende møte i Giac Linh-pagoden for å konsolidere den regionale partikomiteen, sammenkalt av kamerat Duong Quang Dong, for å gripe muligheten til et vellykket opprør.
Under motstanden mot franskmennene brukte nonnen Phung, en hengiven buddhistisk nonne, lyden av tregongen som et signal for å tilkalle eller spre revolusjonære kadrer under møter eller for å gjemme seg når det var problemer.
Under den anti-amerikanske krigen for nasjonal frigjøring ble nonnen Phung abbedisse i tempelet. Under dekke av å være en nonne lurte hun fienden ved å bruke pilegrimsreisene sine til å transportere våpen for den revolusjonære organisasjonen.
Under de harde kampene i 1966–1967 ble det gravd et over 300 meter langt skyttergravesystem på den sørvestlige siden av tempelområdet for å forsvare seg mot fiendens operasjoner og angrep. I løpet av denne perioden ble det også gravd dusinvis av hemmelige tunneler på tempelområdet, slik at kadrene kunne gjemme seg i, og benyttet seg av roen på det religiøse stedet og den tette vegetasjonen. Det er verdt å merke seg at tempelets store bronseklokke ble donert til en våpenfabrikk for å bekjempe fienden.
I 1970 etablerte fienden en militær utpost rett ved siden av tempelgjerdet, med mål om å kontrollere revolusjonen i My Long-området og også overvåke nonnene. Til tross for dette forble nonne Phung standhaftig forpliktet til å bli værende i tempelet og fortsette sine aktiviteter.
Den 24. januar 1998 utstedte Kultur- og informasjonsdepartementet (nå Kultur-, idretts- og turismedepartementet) beslutning nr. 95/QD-BVHTT som klassifiserte Giac Linh-pagoden som et nasjonalt monument av typen historisk monument.