Theo đó, về công tác kiểm tra để giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT, Tổng cục Thuế yêu cầu các Cục Thuế đẩy mạnh việc khai thác và tổng hợp thông tin từ hệ thống ứng dụng công nghệ thông tin hiện có của Ngành và thông tin nhận được từ bên thứ ba (Hải quan, Ngân hàng,…) để thực hiện kiểm tra, giám sát việc hoàn thuế theo quy định của pháp luật.
Đối với các hồ sơ được phân loại kiểm tra trước hoàn thuế, Cục Thuế tổ chức thực hiện phân công, triển khai việc kiểm tra hồ sơ hoàn thuế ngay khi tiếp nhận hồ sơ. Trong quá trình kiểm tra, nếu phát sinh lý do bất khả kháng, không thể tiếp tục thực hiện kiểm tra thì Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người ban hành Quyết định kiểm tra để ban hành Thông báo tạm dừng kiểm tra.
Tổng cục Thuế nêu rõ, quá thời gian giải quyết hoàn thuế mà chưa có kết quả trả lời từ phía cơ quan chức năng, Cục Thuế có văn bản đôn đốc, đề nghị cơ quan chức năng có ý kiến về lý do của việc chưa cung cấp được thông tin; thực hiện kết thúc kiểm tra đúng thời hạn và giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định.
Trường hợp doanh nghiệp thuộc kế hoạch thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đã được phê duyệt có hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn, Cục Thuế ưu tiên thực hiện kiểm tra hồ sơ đề nghị hoàn thuế, bố trí, sắp xếp nguồn lực triển khai kế hoạch phù hợp với quy định về thanh tra, kiểm tra thuế, quy định về giải quyết hoàn thuế tại Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 và các văn bản hướng dẫn thi hành.
Đối với công tác thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế, Tổng cục Thuế yêu cầu phải được thực hiện quyết liệt nhằm kiểm soát chặt chẽ việc hoàn thuế GTGT đảm bảo đúng chính sách, quy định của pháp luật. Cục Thuế phân công nhiệm vụ, giao nhiệm vụ kiểm tra sau hoàn thuế một cách cụ thể, rõ ràng đến từng bộ phận. Cơ quan thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra sau hoàn đối với quyết định hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau theo quy định.
Trường hợp phát hiện doanh nghiệp có hành vi vi phạm về sử dụng hóa đơn không hợp pháp hoặc sử dụng không hợp pháp hóa đơn, trục lợi trong hoàn thuế và các hành vi vi phạm pháp luật khác nhằm chiếm đoạt ngân sách nhà nước thì phối hợp với cơ quan chức năng có thẩm quyền để xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật.
Đối với số tiền thuế đã giải quyết theo hồ sơ hoàn trước cho người nộp thuế nhưng khi thanh tra, kiểm tra sau hoàn đến thời điểm kết thúc thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế vẫn chưa có kết quả trả lời, xác minh của các cơ quan có liên quan, cơ quan Thuế phải nêu rõ trong biên bản kiểm tra, kết luận thanh tra, kiểm tra về việc chưa đủ căn cứ kết luận số tiền thuế đủ điều kiện hoàn thuế.
Khi có kết quả trả lời, xác minh của các cơ quan có liên quan, cơ quan Thuế xác định số tiền thuế đã hoàn không đủ điều kiện được hoàn thuế thì ban hành Quyết định về việc thu hồi hoàn thuế và xử phạt, tính tiền chậm nộp (nếu có).
Tổng cục Thuế yêu cầu các cục thuế khẩn trương giải quyết, xử lý dứt điểm các hồ sơ đề nghị hoàn thuế còn tồn đọng từ năm 2023 chuyển sang, đảm bảo thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Điều 75 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14. Trường hợp người nộp thuế không đồng ý với quyết định của Cơ quan Thuế thì có quyền thực hiện khiếu nại, khởi kiện theo quy định pháp luật về quản lý thuế./.
