Liên kết vùng dù là vấn đề đã được nói đến rất nhiều, nhưng thực tế vẫn tồn tại rất nhiều khó khăn, thách thức. Sự hợp tác, liên kết giữa các địa phương trong vùng mới mang tính đơn lẻ, chưa khai thác, phát huy được hết tiềm năng, thế mạnh của từng địa phương; hoạt động hợp tác của các địa phương trong vùng chưa đa dạng...