กลุ่มบังคับบัญชามีรัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคม Tran Hong Minh เป็นหัวหน้า และมีรองรัฐมนตรี Nguyen Danh Huy เป็นรองหัวหน้า

คณะกรรมการอำนวยการมีหน้าที่กำกับดูแลและเร่งรัดให้หน่วยงานและองค์กรต่าง ๆ ดำเนินการตามมติที่ 172/2024/QH15 ของ รัฐสภา ครั้งที่ 15 เกี่ยวกับนโยบายการลงทุนโครงการรถไฟความเร็วสูงเหนือ-ใต้ ดำเนินการตามกลไกและนโยบายเฉพาะและพิเศษที่รัฐสภา รัฐบาล และนายกรัฐมนตรีได้กำหนดขึ้นเพื่อนำไปใช้กับโครงการ กำกับดูแลและเร่งรัดให้หน่วยงานและองค์กรต่าง ๆ ในสังกัดกระทรวงคมนาคมประสานงานกับหน่วยงานและองค์กรอื่น ๆ ในสังกัดกระทรวง สาขา และท้องถิ่นอื่น ๆ ในการแก้ไขปัญหาสำคัญที่เกี่ยวข้องกับการดำเนินโครงการ

ทีมงานยังมีหน้าที่รับผิดชอบในการรายงานความยากลำบาก ปัญหา และข้อบกพร่องที่เกิดขึ้นในการปฏิบัติที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการดำเนินโครงการอย่างทันท่วงที และเสนอและแนะนำแนวทางแก้ไขให้กับหน่วยงานที่มีอำนาจหน้าที่

นอกจากคณะทำงานอำนวยการแล้ว กระทรวงคมนาคมยังได้มีมติจัดตั้งคณะทำงาน 4 คณะ เพื่อช่วยเหลือคณะทำงานอำนวยการ ได้แก่ การดำเนินโครงการ การฝึกอบรมและพัฒนาบุคลากร การพัฒนาอุตสาหกรรมและการถ่ายทอดเทคโนโลยี การพัฒนา วิทยาศาสตร์ เทคโนโลยี และกฎเกณฑ์และมาตรฐานที่ใช้กับโครงการ

รถไฟความเร็วสูงเหนือ-ใต้: สัญลักษณ์แห่งจิตวิญญาณแห่งนวัตกรรม ช่วงบ่ายวันที่ 30 พฤศจิกายน ผู้แทนรัฐสภา 443/454 คน (92.48%) ลงมติเห็นชอบมติเกี่ยวกับนโยบายการลงทุนโครงการรถไฟความเร็วสูงเหนือ-ใต้